La historia de Liga Deportiva Universitaria de Portoviejo comienza con la fundación de la Universidad Técnica de Manabí (UTM) en 1952. Debido a la gran popularidad del fútbol, la UTM tuvo desde ese entonces un equipo de fútbol que la representaba en los torneos locales, que en ese entonces se jugaban a nivel amateur. Conformado por jóvenes universitarios, con el pasar de los años el equipo de la UTM se convirtió en el más representativo de Portoviejo, comenzando a pelear los campeonatos provinciales de la Asociación de Fútbol No Amateur de Manabí desde 1968 con el nombre de Liga Deportiva Universitaria de Portoviejo.

Llegaría entonces el 15 de noviembre de 1969, fecha trascendental en que LDUP finalmente alcanzaría el título provincial, al vencer de visitante en un recordado partido a Juventud Italiana de Manta, con solitario gol del portovejense Alejandro Aguayo Pinargote en el minuto 88. Como este título otorgaba el derecho de jugar el campeonato nacional profesional, el mismo día el equipo fue fundado oficialmente como club profesional. Su primer directorio estuvo integrado por Ignacio Mera (presidente), Vicente Jarre (vicepresidente), Adriano Zambrano (tesorero), Rubén Darío Morales (síndico), Alberto Caicedo, Olmedo Rivadeneira, Atenógenes Galarza, Víctor Feijó y Ricardo Gutiérrez como vocales. Entre las figuras de aquel conjunto de Liga de Portoviejo estaban Úlbio Alcívar, Gualberto Moreira, Fulton Delgado, Tito Mendoza, Joffre Guevara, César Vallejo, Samuel Polanco, Pablo Vélez, Hugo Pita y el ya mencionado Alejandro Aguayo.

En 1970, para que LDUP pueda jugar el campeonato nacional de local en su ciudad, la pequeña cancha de la Liga Cantonal de Portoviejo fue remodelada y ampliada conforme a las regulaciones de la FEF. El escenario fue finalmente inaugurado el 7 de junio con el nombre de "Estadio Reales Tamarindos", de propiedad de la Federación Deportiva de Manabí; allí Liga de Portoviejo sería local hasta estos días. El recordado Capitán Itamar Rodríguez Cedeño encabezó junto a otros dirigentes la llegada de las primeras contrataciones extranjeras al equipo, que se mantendría en la máxima categoría hasta fines de 1971. Sin embargo, LDUP volvió rápidamente en la segunda mitad de 1972 como campeón de la "B", y se quedó en la Serie A hasta volver a bajar a finales de 1975. Después de ésto, Liga de Portoviejo campeonó otra vez la Serie B en la segunda mitad de 1976, y permaneció en la "A" hasta descender a fines de 1978, cerrando así la década de los 70 como el equipo manabita con más tiempo en la máxima categoría.

Después de la estadía más larga en la "B" (dos años) y de la temporada más corta en la "A" (durante la primera mitad de 1981) en su historia, no se guardaban muchas expectativas por el pronto regreso de Liga de Portoviejo a la élite para la temporada 1982, sobre todo considerando que regresaba por vez primera como vicecampeón. Sin embargo, aquel fue el año más brillante de Liga Deportiva Universitaria de Portoviejo en toda su historia, quedando en el tercer lugar del torneo a solo tres puntos del campeón (y perdiendo el vicecampeonato y el pasaje a la Copa Libertadores en una polémica derrota frente a Barcelona en la última fecha). Cabe recalcar que al año siguiente el equipo obtuvo el cuarto lugar en la competición, y que se mantuvo en la "A" hasta 1989, siendo ésta su más larga y mejor estadía en la máxima categoría del fútbol ecuatoriano.

Llegaron los años 90, durante los cuales Liga de Portoviejo comenzó a perder la consistencia de años anteriores. Tras tres largas temporadas en la Serie B (superando la marca de fines de los 70), LDUP logró campeonar la categoría en la primera mitad de 1992, sólo para descender a finales de año (reflejando la campaña de 1980 E2-1981 E1). Al año siguiente Liga de Portoviejo ascendió subcampeonando la "B", pero las campañas doradas de 1982 y 1983 no se repitieron: el equipo apenas estuvo tres años en la "A" (1994-1996) sin alcanzar los puestos estelares, y no volvió a ascender en lo que restaba de la década.

El declive de LDUP se agudizó en el nuevo milenio, pues a pesar de subcampeonar la Serie B en el 2000, volvió a bajar enseguida al terminar el 2001. Sin embargo, lo peor estaba por venir, ya que la campaña del 2002 fue tan mala que el equipo terminó descendiendo por primera y única vez a la Segunda División. Liga de Portoviejo saldría de este hueco al año siguiente coronándose subcampeón de la Segunda en el 2003, pero durante los siguientes años el equipo se quedó aparentemente estancado en la "B". Finalmente, después de siete temporadas, Liga de Portoviejo logró regresar a la Serie A como subcampeón de la Serie B. Sin embargo, al final de la temporada del 2009 el equipo volvió a descender, manteniéndose en la "B" hasta el día de hoy.

A pesar de los varios altibajos en su historia, Liga de Portoviejo ha sido siempre un animador constante del campeonato ecuatoriano, manteniéndose en la Primera División por 40 de sus 41 años como club de fútbol profesional, y permaneciendo en la Serie A por 22 temporadas. Debido a esta constancia es que Liga de Portoviejo se ha convertido no sólo en el equipo único profesional de su ciudad, sino (según sus hinchas) en el más representativo de su provincia, ganándose el apodo de "ídolo de Manabí" por parte de sus seguidores. A esto se han opuesto los varios equipos de la ciudad de Manta que han pasado a lo largo de los años (Estibadores Navales, América de Manta, River Plate de Manta, INECEL, Juventud Italiana, Manta Sport, Delfín, Green Cross y ahora el Manta FC). Esto ha derivado en el llamado "Clásico Manabita", que enfrenta a LDUP contra los equipos mantenses.

Siendo un equipo clásico del Ecuador, Liga de Portoviejo ha tenido reconocidos jugadores a nivel nacional, tales como: Alfonso Obregón (goleador nacional 1971), César Mendoza, Enrique Raymondi (ex-Emelec), Juan Manuel Bazurko (ex-Barcelona), Luis Alberto Alayón, Carlos Infantino, Joel León, Juan José Pérez (goleador nacional 1978), Jorge Buchelli, Homero Mendoza, Víctor Bravo, Carlos Gorozabel, Mariano Biondi, Ramón Márquez, Omar Marchese, Paulo Damasco, Freddy Bravo, Waldemar Victorino (goleador nacional 1987), Ecuador Figueroa, Miguel Ángel Tzitzios, Rubén Coccimano, Gabriel Cantos, Manuel Uquillas, Ney Raúl Avilés, Luis Alberto Escobar, Hugo Nolberto Toledo, Fabián Ernesto Ceconatto, Marcio Pereira, Pedro Mauricio Muñoz, Carlos Luís Morales, David Bravo, Alberto Capurro, Moisés ¨Cocacho¨ Macías, entre otros.